Linux下conda入门

参考：linux系统下conda的安装与使用 - 简书 (jianshu.com)，哔站生信技能树

conda基础使用

1.conda安装

使用wget命令下载软件包

1.  $ wget -c --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2.  #-c：断点续传#--no-check-certificate： 必须要用

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2.安装命令

1.  chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   ##刚下载好的安装包没有可执行权限，所以需要先给权限  
2.  sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh         ##运行.sh  

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输入命令使.bashrc文件生效

1. source ~/.bashrc  
2.  ​
3.  #启动conda环境
4.  source ~/miniconda3/bin/activate

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3 .验证conda是否安装成功sh

输入conda,如正常返回，说明conda安装成功

4 .添加清华大学的镜像源

1.  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
2.  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
3.  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
4.  conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
5.  conda config --set show_channel_urls yes
6.  conda config --get channels

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或者编辑文件，vim ~/.condarc，进入后编辑如下（这是清华源）：

1. channels:
2. - defaults
3. show_channel_urls: true
4. default_channels:
5. - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
6. - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
7. - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
8. - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
9. - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
10. - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
11. custom_channels:
12. conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
13. msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
14. bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
15. menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
16. pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
17. pytorch-lts: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
18. simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
19. deepmodeling: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/

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查看频道文件：cat ~/.condarc //编辑同理

查看当前信息：conda config --show（各种信息）

查看当前下载源：conda config --show-source

5.环境管理命令

可使用如下命令查看已有环境列表，*表示当前环境，base表示默认环境

1.  conda env list

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使用命令“conda create -n 环境名称 python=版本号”创建环境，这里创建了名称为3.9的python版本号为3.9的虚拟环境，稍微等待，过程中输入“y”.

1.  

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1. conda create -n rnaseq python=3.9   #在用
2.  conda create -n rna python=3   #创建名为rna的软件安装环境
3.  conda create -n rnaseq
4. conda remove --name <env_name> --all #删除环境

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小环境操作

1. #激活环境，默认处于base环境，进入其他环境需要使用source activate手动切换
2.  conda activate rnaseq
3.  #若要退出当前环境，使用source deactivate，默认回到base 环境
4.  conda deactivate
5.  #移除环境
6.  conda env remove -n [env_name]

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安装软件

方法1:网站查询

Search :: Anaconda.org

Usage — Bioconda documentation

方法2：conda search xxx

安装：

conda install xxx

以安装fastqc为例

1.先看看哪些可安装版本

conda search fastqc

2.安装

conda install fastqc //默认安装最新版

conda install fastqc=0.11.7 //安装指定版本

conda install -y fastqc=0.11.7 //添加y参数跳过确认步骤

查看conda环境已安装的软件

基本用法：

conda list //查看当前环境所安装的软件

拓展用法：

1.查看符合正则表达式的软件

conda list fast*

2.查看指定环境的软件

conda list -n xxx

删除软件

conda remove xxx

conda remove --name --all

删除特定环境下的特定软件

conda remove -n 环境名 软件名 //不指定-n参数需要进入该环境后才能进行删除操作，同样，-y能够跳过确认步骤

升级软件

升级软件：conda update xxx

升级conda本身：conda update conda

Q：conda提醒要升级，需要去升级吗？

A：只要不影响使用，就不用管它；新版本conda（尤其4.8之后）

Q：能升级软件能降级吗 ？

A：直接安装指定版本，如：conda list python=2.7

conda进阶使用

安装mamba

tips：在base中安装的包在小环境中依然可以使用，因此不需要每个环境都装

切换到base环境（确保安装在base）

conda activate base

在base下安装mamba

conda install mamba

mamba使用

除启动环境（conda activate xxx）所有conda的命令都可以用mamba来代替

搜索软件

mamba search xxx

mamba repoquery search xxx //这个更快

安装软件

mamba install xxx

小技巧：查看依赖关系

我依靠谁

mamba repoquery depends -t xxx

谁依赖我

mamba repoquery whoneeds -t xxx

版本控制和迁移

解决两个问题：

1.发文章的时候提供版本号

2.更换服务器、分享的时候保持软件版本不变

方法1：用conda list的export功能

基本用法:

conda list //查看当前环境所安装软件

进阶用法：

导出环境中安装包的列表

conda list -n xxx - -export > name.txt

软件名=版本号=build

安装导出的信息

conda create -n rna -file name.txt

方法1：用conda env的export功能

导出想要导出的环境

conda env export -n xxx > name.yml

根据导出的yml文件创建环境

conda env create -f name.yml

根据导出的yml文件更新环境

conda env update -f name.yml

yml文件提供信息更全面